张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调整:皇甫嵩北上东郡;朱隽则攻南阳的赵弘;而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人”五斗米师”张修攻打郡县，但未受到汉室重视。
朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才不行。但朱儁仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱儁又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱儁登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。朱儁便解开围军，韩忠果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。公元185年春天，班师回京。
另一方面，皇甫嵩于8月到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。不过，张角已经病死，在10月于广宗便和张梁战斗，张梁军犟，于首战不能攻克。在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。11月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱平息。
起义虽被汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人。而由张燕率领的黑山贼，甚至号称从者百万。
中平五年(公元188年)，黄巾余部再度发动起义。二月，郭泰等于西河白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。四月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。十月，青州、徐州黄巾贼又起，攻略郡县。十一月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾起义般盛，但却令汉室十分头痛。
为了有效镇压起义，于中平五年(公元188年)三月，灵帝接受太常刘焉的建议，将部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾残部。而正因汉灵帝下放权力，助长地方军拥兵自重，各群雄互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝在军阀手中如同无物，所以黄巾起义是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。虽然如此，乱事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。
黄巾起义对于东汉末年的政局产生了深远的影响。为了尽快平定战事，中央下放军权至地方，使得黄巾起义的浪潮无法快速蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的危机。但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或官员借着在镇压黄巾起义的过程中拥有兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开了序幕，更为三国分立种下远因。在农民起义的打击下，东汉王朝名存实亡，并最终走向了灭亡。
究其根本，就在于老百姓流离失所--没有了土地，大量的流民组成的黄巾军为汉朝的最后瓦解来了致命一击。”
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